Augstākā līmeņa pārvaldes institūcija Pēdējo Dienu Svēto Jēzus Kristus Baznīcā ir Augstākais prezidijs, kas sastāv no prezidenta un viņa diviem padomniekiem jeb padomdevējiem. Šī trīs cilvēku institūcija pārrauga visas Baznīcas darbu visos vadlīniju, organizācijas un administrācijas jautājumos.
Otra augstākā Baznīcas pārvaldes institūcija ir Divpadsmit apustuļu kvorums. Apustuļi kalpo Augstākā prezidija vadībā un viņiem ir stingri administratīvi pienākumi, lai pārraudzītu Baznīcas pienācīgu progresu un attīstību visā pasaulē. Augstāko prezidiju un Divpadsmit apustuļus pēdējo dienu svētie uzskata par praviešiem, kuri saņem dievišķu atklāsmi un iedvesmu Baznīcas vadīšanai.
Jauna Baznīcas prezidenta iecelšana notiek organizēti, kas — pārsteidzoši mūsdienu pasaulē — ļauj izvairīties no jebkādas iekšējas lobēšanas attiecībā uz amatu vai rangu. Baznīcas locekļi to uzskata par dievišķi atklātu procesu, un tajā nav nekādas priekšvēlēšanu aģitācijas ne aizkulisēs, ne publiski.
Turklāt šis process regulē ne tikai Baznīcas organizācijas struktūru. Baznīcā pastāv arī dziļi iesakņojusies tradīcija, ka personīga tiekšanās pēc vadītāja amata jebkurā līmenī ir nepiemērota. Tā vietā uzsvars tiek likts uz personīgo cienīgumu un pazemīgu gatavību kalpot, kad tiek saņemts uzaicinājums.
Kad Baznīcas prezidents aiziet mūžībā, notiek sekojošais:
1. Augstākais prezidijs tiek automātiski izformēts.
2. Abi padomnieki Augstākajā prezidijā atgriežas pie savas agrākās kalpošanas stāža vietas Divpadsmit apustuļu kvorumā. Vecākais apustulis tiek noteikts pēc datuma, kurā viņš tika ordinēts Divpadsmito kvorumā, nevis pēc bioloģiskā vecuma.
3. Divpadsmit apustuļu kvorums, kurā tagad ir 14 cilvēki un kuru vada vecākais apustulis, uzņemas Baznīcas vadību.
4. Vecākais apustulis prezidē Divpadsmit apustuļu kvoruma sanāksmē, lai apspriestu divus alternatīvus priekšlikumus:
1. Vai šobrīd būtu jāreorganizē Augstākais prezidijs?
2. Vai Baznīcai vajadzētu turpināt darboties, Divpadsmit apustuļu kvorumam prezidējot?
5. Pēc apspriešanas tiek iesniegts oficiāls priekšlikums, un to pieņem Divpadsmit apustuļu kvorums.
6. Ja tiek pieņemts priekšlikums par Augstākā prezidija reorganizāciju, Divpadsmito kvorums vienbalsīgi izvēlas jauno Baznīcas prezidentu. Jaunais prezidents izvēlas divus padomniekus, un visi trīs kļūst par jauno Augstāko prezidiju. Visā Baznīcas vēsturē, kad Augstākais prezidijs ir ticis reorganizēts, visilgāk amatā kalpojušais apustulis vienmēr ir kļuvis par Baznīcas prezidentu.
7. Pēc Augstākā prezidija reorganizēšanas otrais visilgāk amatā kalpojušais apustulis tiek atbalstīts par Divpadsmit apustuļu kvoruma prezidentu. Kad otrais visilgāk kalpojušais apustulis arī tiek aicināts Augstākajā prezidijā par padomnieku, trešais visilgāk kalpojušais apustulis kļūst par Divpadsmito kvoruma prezidenta vietas izpildītāju.
8. Divpadsmit apustuļu kvoruma prezidents kopā ar pārējiem apustuļiem iesvēta* jauno Baznīcas prezidentu, veicot formālu roku uzlikšanu.
Kopš Baznīcas oficiālās organizēšanas 1830. gada 6. aprīlī tajā ir bijuši 17 prezidenti, tostarp prezidents Rasels M. Nelsons.
*Pēc aicinājuma pieņemšanas kalpot kādā amatā Baznīcas locekļi tiek „iesvētīti” šajā amatā. Tas tiek darīts saskaņā ar Bībeles praksi – roku uzlikšanu. Priesterības vadītājs uzliek rokas uz iesvētāmās personas galvas un noskaita lūgšanu, piešķirot šai personai pilnvaras un spējas veikt amata pienākumus un sniedzot personīgu svētību.